Zakład Anatomii Prawidłowej i Klinicznej Centrum Biostruktury współpracuje z wieloma jednostkami naukowo-dydaktycznymi zarówno wewnątrz struktur Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego, jak i poza nimi.
Wspólne badania są prowadzone z:
Zakładem Medycyny Sądowej WUM
Oddziałem Neurochirurgii Szpitala Dziecięcego im. prof. dr. Jana Bogdanowicza
Zakładem Radiologii Stomatologicznej i Szczękowo-Twarzowej WUM
Katedrą i Kliniką Neurochirurgii WUM
Katedrą i Kliniką Otorynolaryngologii, Chirurgii Głowy i Szyi WUM
Instytutem Psychiatrii i Neurologii
Kliniką Nowotworów Układu Nerwowego NIO
W ZAPiK są organizowane kursy we współpracy z Polskim Towarzystwem Chirurgii Podstawy Czaszki.